하지만 쌀과 같은 곡류, 콩류, 견과류 등에 곰팡이가 생기면 아플라톡신, 오크라톡신, 제랄레논 등 곰팡이 독소가 나올 수 있다. 곰팡이 독소는 곰팡이류가 만들어내는 진균독의 일종이다. 사람에게 급성 또는 만성 장애를 일으킨다. 아플라톡신은 주로 땅콩이나 보리, 밀, 옥수수, 쌀 등에서 검출되며 간암을 유발하는 발암성 물질이다. 오크라톡신은 신장에 치명적인 손상을 주고, 제랄레논은 생식기능 장애나 불임 등을 유발할 수 있다.

따라서 이들 식품은 습도 60% 이하, 온도는 10~15도 이하에서 보관하는 게 좋다. 온도 변화가 최대한 적은 곳을 선택해야 한다. 주방의 경우 습기가 많기 때문에 보일러를 가동해 건조시키거나 에어컨 제습기를 이용해 습기를 제거해야 한다. 옥수수나 땅콩 등 껍질이 있는 식품들은 껍질째 보관하는 것이 안전하다.

곰팡이 독소는 곰팡이가 생긴 식품 내부에 생성되고, 열에 강하기 때문에 세척이나 열에 의해 없어지지 않는다. 따라서 곰팡이가 피었거나 식품 고유의 색깔, 냄새 등이 변했다면 섭취하지 말아야 한다. 쌀을 씻을 때 파란색 물이나 검은 물이 나오는 경우도 곰팡이 오염 때문일 수 있어 바로 버리는 게 좋다.